空間トランスクリプトーム解析の信頼性を上げる方法

当社はin siuハイブリダイゼーション(ISH)を得意とし、特にRNAを分解させないように切片作製することをこれまで追求してきました。その品質確認の方法としてハウスキーピング遺伝子のβ-アクチンを検出して、RNAが分解されている切片(組織)かどうか評価を行います。

いわゆる『面で行う品質確認』です。

組織:大腸がん ヒトβ-アクチン染色(ISH)

図1 図2 図3

これはヒト大腸がんをβ-アクチンを検出した染色像です(紫色がシグナル)

一目瞭然ですよね!?

この3つの切片全て同様の信頼ある結果が得られるとは思えませんが・・・

図1は組織全体的に染まりが薄くRNAの分解が見られる。

図2は一部にRNAが多く残っているがほとんどの領域でRNAが分解されている。

図3は組織全体で均一にRNAの保存性が高い。

当社が空間解析で使用するのであれば図3の組織です!!!

 

ちなみに図1、図2、図3の組織は、空間解析会社の品質確認では全てパスします。

この結果からも、組織全体をすりつぶす品質確認で信頼できる空間解析結果が得られるのか大いに疑問です。。。

当社は、せっかく高い費用を掛けるなら信頼できる結果と追求するべきだと考えています。

そのために『面で行う品質確認』を推奨します。

面で品質確認して、下記のように使える領域を切り出すことも可能です。

組織:乳がん ヒトβ-アクチン染色(ISH)

ご興味ある方は是非ご相談ください。

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